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臭氧水产养殖上有着很大的作用，臭氧具有强氧化性，可快速消毒灭菌，臭氧消毒灭菌后会分解为氧气，氧气是水产物有帮助的，会使水产物增肥增重。
臭氧作为一种强氧化剂、消毒剂、催化剂不仅在工业上得到广泛的应用，实践证明臭氧亦在水消毒、改善水质、防止水产养殖系统内的疾病及赤潮解毒等领域得到了成功的应用。通过臭氧发生器可对生物卵消毒 、 养殖水杀菌、设施消毒，可以防止病原体的侵入。臭氧具有强烈的杀菌消毒和水质净化作用，而且无毒无害，是水产养殖和育苗生产中最理想的杀菌净化剂，对防治鱼、虾、海胆、河蟹、甲鱼等生物病害，改善水产养殖的生态环境，有着重要的意义。
总之水产养殖中使用臭氧育苗，现在成套的臭氧发生器价格并不高，一次性投资也不大，而且可节约各种消毒剂，抗菌素，还可以减少换水量，节约燃料煤，应用臭氧育苗，其成活率至少可提高一倍以上而且一套臭氧发生器可使用数年，从而既可大大节省养殖成本，又可培育出绿色环保食品，从各个方面讲是比较经济的。目前日本及欧美等大部分国家已广泛采用臭氧进行养殖，并禁止采用氯化物等化学消毒剂进行养殖而造成含氯素过高的产品进入其市场。
臭氧在水产养殖上的工程特点：
1、应用臭氧可降解水中的有机物、氨氮、亚硝酸盐等物质，并杀灭水中的致病菌和浮游生物。
2、大大提高鱼、虾、贝类育苗和养殖的成活率。
3、明显提高饲料的转化率，促进生长，提高产量。
4、避免水质污染，如赤潮、工业废水、生活污水等。
5、避免因周边养殖池的污染、病毒而造成的交叉感染。
6、避免水质恶化和池底污染。
7、降低消耗，降低生产成本